Головним завданням Одеської прикордонної державної контрольно-токсикологічної лабораторії є проведення випробувань по визначенню  показників безпеки в сільськогосподарської та харчової продукції, вин, виноматеріалів, спиртів етилових та коньячних, коньяків, горілок та інших алкогольних напоїв, а саме: мікотоксинів, важких металів та токсичних елементів, гормонів, нітрозамінів, антибіотиків, нітратів, радіологічних показників та залишкових кількостей пестицидів, а також здійснення  контролю якості засобів захисту рослин(визначення масової частки діючої речовини).

Лабораторія також безпосередньо займається контролем якості  сільськогосподарської та харчової продукції, вин, виноматеріалів, спиртів етилових та коньячних, коньяків, горілок та інших алкогольних напоїв на відповідність державному стандарту України(ДСТУ).